Sito all’interno dell’ex convento di San Domenico, il museo è nato nel 1857 grazie a donazioni private e del geologo e paleontologo Giuseppe Scarabelli che ne fu il primo direttore.
Caso esemplare di conservazione di ordinamento museografico ottocentesco, l’esposizione rispetta la rigorosa impostazione originaria: la sezione archeologico-preistorica con reperti provenienti da giacimenti paleolitici e da siti dell’età del bronzo, quella geologica con una ricca collezione di rocce, minerali e fossili, altre raccolte e una sezione naturalistica.
Il museo è ricco di 28.000 esemplari entomologici e ornitologici mentre l’erbario comprende 5000 specie di piante. Un riordino delle raccolte, avvenuto negli anni ’30, aggiunse alle collezioni anche materiali etnografici per lo più africani, pervenuti in seguito alle guerre coloniali in Africa Orientale.