La storia di questa chiesa è legata in particolare all’Ordine Gerosalemitano dei Cavalieri di S. Giovanni di Malta, presente in tutt’Europa nel XII secolo con finalità ospedaliere.
Anche nel nostro caso infatti si trattava fin dal 1143 della Chiesa e dell’Ospedale di S. Giovanni, rivolto alla cura di viandanti e pellegrini. L’edificio subì un totale rifacimento nel ‘500 che comportò anche la chiusura dell’antico ingresso e l’apertura dell’attuale, e poi ancora nell’800 per quanto riguarda la decorazione interna.
La chiesa ha conservato un bel portale con bassorilievi marmorei del 1541 recante lo stemma del casato di Papa Paolo III.